Né à Trujillo en Extrémadure, vers 1500, on ne sait rien de lui, en dehors de son expédition dans le Golfe de Californie. Lorsque le vice-roi de la Nouvelle Espagne, Antonio de Mendoza, décida d'explorer les territoires du nord, dont on avait entendu parler par Panfilo de Narvaez, Estebanico, puis par Marcos de Nice, il avait envoyé une troupe de 340 hommes sous le commandement de Francisco Vázquez de Coronado, et par la mer, une flotte commandée par Hernando de Alarcón, chargée de remonter le long de la côte, pour prêter éventuellement main forte à l'expédition terrestrre.
Partie d'Acapulco le 9 mai 1540, Alarcón arriva au fond de la baie de Californie, le 26 août. Il démontrait en premier lieu, que la Basse Californie était une presqu'île. Arrivé à l'embouchure du Colorado, et ne voyant pas la troupe de Coronado, il entrepris de remonter le cours du fleuve, ce qu'il fit sur 80 lieues.
Il est ainsi le premier Européen à avoir touché le sol de la Californie actuelle. Il eut avec les indiens des relations très amicales, et écrivit à son retour une courte relation de ce voyage.
Il mourut en 1541.
