Baltazar de Castilla est cité par les chroniqueurs en 1541, après l'assassinat de Pizarro, lorsqu'il prit le parti de Diego de Almagro el Mozo. Il participa dans les troupes de celui-ci à la bataille de Chupas, du 15 septembre 1542. Il fut parmi les survivants.
En 1544, il adopta le camp de Gonzalo Pizarro. Après la bataille d'Añaquito, en 1546, la défaite et la mort du vice roi Blasco Núñez Vela, il fut envoyé à Panama, avec Pedro de Hinojosa, pour faire tenter de faire reconnaître, la direction du Pérou par Gonzalo Pizarro. Le gouverneur du Panama, Pedro de Casaos, hostile à Pizarro, les retint prisonniers, puis à l'arrivée de Pedro de La Gasca, Castilla fut envoyé au Guatemala et au Nicaragua, pour recruter des hommes à destination du Pérou, pour le camp royaliste.
De retour au Pérou, il fut l'un des capirtaines de La Gasca, et à ce titre, participa à la bataille de Jaquijahuana qui vit la défaite de Gonzalo Pizarro, le 9 avril 1548. Castilla fut remercié par l'attribution d'une encomienda à Parinacochas, produisant une rente de 40000 pesos.
Le 13 novembre 1553, c'est à l'occasion du banquet donné lors du mariage de sa nièce avec Alonso de Loaysa, neveu de l'archevêque de Lima, que Francisco Hernández Girón déclara qu'il prenait la tête d'une révolution. Ami de Castilla, il voulut s'entretenir avec lui des motifs de son soulèvement, mais il fut informé par Bernardino de Robles que Castilla et Juan de Cáceres s'étaient enfuis à Lima. Girón envoya à sa poursuite, Diego de Alvarado. Ce dernier haïssait Castilla avec qui il s'était battu en duel deux mois auparavant.
Alvarado captura Baltazar de Castilla Cáceres et, et sans preuves, ni formalités, les condamna au supplice du garrot. Girón déclara n'avoir pas été informé de l'affaire.
