Andrés Niño était né en 1475, à Moguer, en Andalousie. Il vint aux Indes pour la première fois en 1511.

Nommé Pilote Royal, il partit le 12 juillet 1514 dans l'expédition de Pedrarias Davila pour Santa Maria la Antigua del Darien. Il y connut Vasco Nuñez de Balboa et fut informé des possibilités de navigation vers le sud.

Il rentra en Espagne en 1518 et obtint en 1519, une capitulation pour un voyage d'exploration dans la "Mer du Sud". Les bateaux saisis lors de l'arrestation de Vasco Nuñez de Balboa lui furent remis pour faire partie de sa future flotille.

L'expédition commandée par Gil Gonzalez Davila partit de Sanlucar de Barrameda le 13 septembre 1519 pour Panama, d'où il préparèrent l'expédition, composée de 7 bateaux, 100 hommes et quelques chevaux. Andrés Niño par la mer, et Gonzalez Davila par la terre, se dirigèrent vers le nord et se rencontrèrent dans l'actuel Golfe de Nicoya au Costa Rica. Il se séparèrent alors, et Nino continua sa navigation, jusqu'au rio de la Possession (actuel port Nicaraguayen de Corinto) puis au Golfe auquel il donna le nom de Fonseca. Il longea encore la côte jusqu'au Golfe de Tehuantepec au Mexique, avant de rebrousser chemin pour rejoindre Gil Gonzalez Davila.

Il revinrent ensemble à Panama, avec beaucoup d'or et de perles.

La date et même le lieu de sa mort semblent incertains, certains les plaçant en 1525 au Salvador, d'autres après 1532 en Espagne.