Né à Oropesa, province de Tolède en Castille la Manche, en 1490, Diego Orgóñez avait combattu lors des campagnes d'Italie. Passé aux Indes, après avoir été au Honduras, il était venu au Pérou, sans qu'on sache exactement quand, soit avec Almagro après la bataille de Cajamarca, soit avec Pedro de Alvarado.
Il fut toujours fidèle à Diego de Almagro, dont il fut le second jusqu'à sa mort. Il l'accompagna dans toutes les campagnes, contre les incas révoltés, lors de l'expédition du Chili, puis dans la guerre civile. Il fut toujours beaucoup plus ferme qu'Almagro dans la conduite à tenir devant les Pizarro. Après avoir pris Cusco et fait prisonnier les deux frères Hernando et Gonzalo Pizarro, il fut partisan de les faire exécuter, disant à Almagro : 'los muertos no mordian'. Almagro refusa toujours de suivre son conseil, croyant jusqu'au bout, à sa vieille amitié avec Francisco Pizarro. Lors de l'arbitrage de Mala, entre les deux rivaux, sous l'égide du fray Francisco Bobadilla, Orgóñez comprit tout de suite la partialité du religieux. Almagro, quant à lui, accepta un compromis, prévoyant notamment la libération des deux frères Pizarro.
Il mourut le 26 avril 1538 à la bataille de Las Salinas. Il fut ensuite décapité, et sa tête fut exposée au bout d'une lance sur la plaza de armas de Cusco.
Rodrigo Orgóñez avait épousé la soeur du Padre Vicente Valverde, dont il eut une fille.
